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清顺治五年(1648)置扎赉特旗,隶属哲里木盟。至民国时期仍属哲里木盟,东北沦陷时期隶属为兴安总省。
1947年10月旗人民政府成立,隶属兴安盟。1953年兴安盟撤消后,隶属于内蒙古自治区东部行政公署。1954年东部行政公署撤消,划归呼伦贝尔盟。1969年8月,随呼伦贝尔盟划入黑龙江省。1979年又随呼伦贝尔盟划回内蒙古。1980年7月恢复兴安盟建制至今。